Po brutalnym aresztowaniu i uwięzieniu Prymasa w celi klasztoru kapucynów w Rywałdzie Królewskim funkcjonariusze bezpieczeństwa byli przekonani, że nikt się o tym nie dowie. Ksiądz Prymas w „Zapiskach więziennych” zamieścił informację, że w trzecim dniu: „Pan osłaniał bibułkami szyby moich okien, żeby kto nie dostrzegł Prymasa Polski. «Tych okien nikt nie zdoła przed światem ukryć. I tak wszyscy będą wiedzieli, gdzie mnie więzicie». «Przesada» – wygłosił mój rozmówca. «Nie przesada, tylko stwierdzenie rzeczywistości, której wy nie znacie, bo zamykacie na nią oczy». Pozycja Prymasa Polski więcej znaczy w świecie, aniżeli każdego innego hierarchy na Wschodzie Europy; i na to rady nie ma. Świat interesuje się losami każdego kardynała – i na to również rady nie ma. Kto zna choć odrobinę Europę, wie, że to nie są pojęcia martwe. Trzeba wielkiego zaślepienia, by strzelać do obywatela z ciężkich dział, zamiast użyć ludzkiej mowy” (28 września 1953 r.).

Słowa Sługi Bożego wypowiedziane wobec funkcjonariusza bezpieczeństwa w Rywałdzie nabrały rozgłosu już kilka dni po aresztowaniu i uwięzieniu prymasa. Funkcjonariusz w kilku słowach wyraził zresztą stanowisko partii i rządu. Taki sposób myślenia starano się przekazać ówczesnemu społeczeństwu: jeśli zamkniemy prymasa, to wówczas zmusimy Kościół w Polsce do uległości wobec jedynie słusznego systemu komunistycznego, który już niedługo opanuje cały świat.

Stało się zupełnie odwrotnie. Aresztowanie prymasa, jego uprowadzenie w nieznanym kierunku i osadzenie w klasztorze w Rywałdzie wywołało skutek odwrotny od zamierzonego przez komunistów. Prawdopodobnie już następnego dnia po aresztowaniu prymasa (26 września 1953 r.) informacje o tym haniebnym czynie dotarły poza granice Polski. Papież Pius XII po otrzymaniu tej hiobowej wieści udał się do prywatnej kaplicy i pozostał na dłuższej modlitwie w intencji wolnej Polski i jej prymasa.

Od tego momentu Ojciec Święty przez jedną z ambasad w Warszawie był informowany na bieżąco o posunięciach władz. Bardzo szybko podjął też decyzję o nałożeniu ekskomuniki na sprawców aresztowania i uwięzienia Prymasa Polski. Dekret został opublikowany 30 września 1953 r. Oto pełny jego tekst:

„Wobec faktu świętokradczego podniesienia ręki przeciwko Najdostojniejszemu Kardynałowi Świętego Rzymskiego Kościoła, Stefanowi Wyszyńskiemu, arcybiskupowi Gniezna i Warszawy, oraz przeszkodzenia mu w wykonywaniu jego świętej jurysdykcji kościelnej Święta Kongregacja Soboru oświadcza, że wszyscy ci, którzy popełnili wyżej wymienione zbrodnie, popadli zgodnie z kanonami 2334 n.2 i 2343 par. 2 Prawa Kanonicznego w ekskomunikę, zarezerwowaną w specjalny sposób Stolicy Apostolskiej, oraz w infamię prawa” („Acta Apostolicae Sedis”, vol. XXXXV, s. 618).

Tak oto wolny świat dowiedział się o aresztowaniu i uprowadzeniu Prymasa Polski. Zapewne jedną z pierwszych osób, z którą Papież w tej sprawie rozmawiał, był ówczesny wikariusz Rzymu kard. Clemente Micara. On też w imieniu Papieża w specjalnej odezwie podpisanej 2 października 1953 r. powiadomił mieszkańców Wiecznego Miasta o tym smutnym fakcie.

„Gdy nadeszła smutna wiadomość o aresztowaniu kard. Stefana Wyszyńskiego, niezwłocznie o tym fakcie powiadomiliśmy Jego Świątobliwość papieża Piusa XII, naszego biskupa, który wyraził życzenie ogłoszenia protestu, by poruszyć serca katolików rzymskich wobec gwałtu, jakiego dopuszczono się w stosunku do osoby Księcia Kościoła.

Wasze oburzenie i bardzo żywy protest przyjęliśmy poruszeni tym, że trzecia osoba Świętego Kolegium, w tak krótkim czasie, po Węgrzech i Jugosławii, płacąc cenę za wierność Papieżowi, straciła wolność i uniemożliwiono jej wypełnianie misji pokoju i miłości.

Heroiczny naród polski został pozbawiony Pasterza, umiłowanego Ojca, który z wielką powagą i miłością wypełniał swoją misję w stosunku do wiernych Jemu powierzonych, który nie tracił ducha nadprzyrodzonego i postawy pokoju w swojej posłudze pasterskiej (…).

Kościół wojujący, ze swej strony, za wierność Najwyższemu Pasterzowi cierpi i płaci za winy niezasłużone: «Jeśli ktoś jest słaby, czy ja nie staję się słaby?» (2 Kor 11, 29), ponieważ wie, jak głęboko w Jego sercu tkwią i tkwią doświadczenia, które krzyżują Kościół.

Kierując się tymi uczuciami, zarządzamy, aby w ciągu tygodnia, który rozpoczyna się 4 października, we wszystkich kościołach i kaplicach publicznych Rzymu, w dniach i godzinach ustalonych przez Rektorów była odprawiona jedna Msza św. ekspiacyjna i błagalna wraz z wystawionym Najświętszym Sakramentem” („L’Osservatore Romano” z 3 października 1953 r., s.1).

Za sugestią Piusa XII w sprawę bezprawnego aresztowania Prymasa Polski został włączony korpus dyplomatyczny akredytowany przy Stolicy Apostolskiej. Przy współpracy Giuseppe Patrizio Walshe’ego, ambasadora Irlandii przy Stolicy Apostolskiej i dziekana korpusu dyplomatycznego, 19 listopada 1953 r. w Castel Gandolfo zorganizowano uroczystą audiencję dla dyplomatów z całego świata, poświęconą wyłącznie aresztowaniu i uprowadzeniu Prymasa Polski.

Ambasador Patrizio Walshe wygłosił skierowane do Ojca Świętego Piusa XII przemówienie, dziękując za łaskę tej audiencji. Uwagę zgromadzonych skierował na bardzo bolesne wydarzenie w Kościele katolickim. Najwyższemu Pasterzowi w imieniu Korpusu Dyplomatycznego, wobec gwałtu, jakiego dopuszczono się w stosunku do osoby Jego Eminencji Kardynała Stefana Wyszyńskiego, wyraził słowa współczucia. Jednocześnie dodał, że odpowiedzialni za te bolesne wydarzenia powinni się zreflektować i uznać, że „jedynie słuszną drogą postępowania jest droga pokoju i z racji godności osoby ludzkiej poszanowanie praw religijnych”.

Po tych słowach Ojciec Święty wygłosił przemówienie do zebranych dyplomatów. Oto jego pełny tekst:

„Panie Ambasadorze,

Od chwili, gdy zaszły smutne wydarzenia, które spowodowały Pańskie wystąpienie, z wielu stron nadeszły i jeszcze po dziś dzień nadchodzą dowody solidarności, której pobudki dopiero co zebrał Pan i pokrótce wyjaśnił. Dlatego też z wielkim wzruszeniem przyjmujemy dziś Waszą Ekscelencję razem z Prześwietnym Korpusem Dyplomatycznym przy nas akredytowanym, którego jest Pan reprezentantem i dziękujemy za tę cenną pociechę, wyrażoną przy tej okazji.

Udręki zadane Wielce Czcigodnemu Kardynałowi Wyszyńskiemu otwierają w naszym sercu nową ranę, gdy patrzymy, jak bolesną drogę, po której od wielu lat kroczy dzielny naród polski i po tylu innych przeszła w nowy etap. W ciągu dziejów, bogatych w sławne czyny i obfitujących w wiele faktów, naznaczonych wielkim heroizmem, naród polski miał nazbyt często okazję zadokumentować, z jaką siłą przywiązany jest do wiary świętej, którą otrzymał prawie tysiąc lat temu. W chwili, gdy doszedł do swej świadomości narodowej, od wiary tej nic nie mogło go oderwać.

Doświadczenie wieków potwierdza niezbicie, że prawdziwe przekonania religijne i miłość ojczyzny zakotwiczają się najgłębiej w duszę ludzką, przenikają jej najczulsze struny i zaliczają się do jej najdroższych skarbów. Obydwa te uczucia, zamiast przeciwstawiać czy krępować się wzajemnie, wręcz przeciwnie – czerpią ze wzajemnego wsparcia nadspodziewaną moc. Czyż nie odpowiadają one zresztą najbardziej istotnym i naturalnym wymogom ludzkim, zapewniając człowiekowi doskonalenie się i harmonijny wzrost tak indywidualny, jak i zbiorowy w poszanowaniu legalnej władzy i prawa międzynarodowego?

Z miłością swej Ojczyzny naród polski łączył zawsze niezłomną wierność wobec Osoby Ojca Świętego i znajduje w niej niezłomną siłę do dzielnej obrony swego bytu. Wyraziliśmy to przedstawicielom Armii Polskiej, gdy w 1944 r. przybyli do nas, by w imieniu swych rodaków złożyć uroczyście synowski hołd od Polski – «zawsze wiernej». Powtórzyliśmy to w naszym liście z dnia 1 września 1951 r. skierowanym do Episkopatu i narodu polskiego i wspominamy z głębokim wzruszeniem spotkanie, dziś naznaczone bólem i trwogą, gdy Arcybiskup Gnieźnieński i Warszawski zapewniał nas o niezachwianej stałości narodu polskiego w tradycji, wiążącej go ze Stolicą Apostolską.

Nie należy się dziwić, że ten, który postawił sobie za zadanie zachowanie nienaruszalnych wartości swego narodu, stał się główną ofiarą tych, co myślą, że uderzając w pasterza, zadadzą decydujący i ostateczny kres nieugiętemu oporowi.

Dlatego też z wdzięcznością przyjmujemy Wasz protest przeciw gwałtowi godzącemu nie tylko w prawo jednego człowieka, ale i w prawo całego narodu, usiłującemu wykorzenić z jego świadomości życiodajne przekonania. Któż nie czułby się dotknięty tym zamachem na godność ludzką? Narody przez Was reprezentowane starają się strzec nieprzedawnionych praw, które jedynie umożliwiają życie społeczne godne tego miana. Jesteśmy przekonani, że ich postawa moralna podtrzyma i doda otuchy tym, co znoszą mężnie ciężkie zamachy na wolność religijną i polityczną, i że znajdą w nich nowy i potężny bodziec do wytrwania.

Wielkość obecnego zła nie powinna nikomu odebrać ufności w lepszą przyszłość. Prawda i sprawiedliwość nie są pustymi słowami. Mają one w sobie moc Boga Wszechmogącego, który jest ich gwarantem i obrońcą i który już teraz wlewa w serca swych dzieci, wbrew pozorom, pewność w ostateczny tryumf pokoju we wzajemnym poszanowaniu narodów i we wspaniałomyślnej jedności ludzi dobrej woli.

Niech Bóg Wszechmogący dozwoli Wam i Waszym narodom ujrzeć świt tego dnia, tak bardzo przez wszystkich wyczekiwanego, za który wielu nie waha się ofiarować dziś swych cierpień i swego życia” („L’Osservatore Romano z 20 listopada 1953 r., s. 1).

Na znak solidarności z uwięzionym Prymasem Wyszyńskim do Stolicy Apostolskiej spontanicznie napływały listy protestacyjne z całego świata. Swój sprzeciw wobec brutalnej napaści na Prymasa Polski wyrażali zarówno kardynałowie i biskupi Kościoła powszechnego, jak i dyplomaci; przedstawiciele organizacji społecznych, świeckich i kościelnych. Wobec znacznej liczby listów protestacyjnych Pius XII podjął decyzję, aby publikować je na bieżąco w „L’Osservatore Romano”. Wzmianki o protestach ukazywały się niemal każdego dnia. Od 27 września do 5 grudnia 1953 r. odnotowano 3187 takich protestów.