Duchowi synowie św. Franciszka z Asyżu, jakimi są kapucyni, to jedna z gałęzi rozłożystego drzewa rodzin franciszkańskich. Jest przy tym jego wyraźnym odgałęzieniem, czerpiącym – mimo swojej odrębności – soki ze wspólnego pnia.

Wśród głównych cech duchowości kapucynów są: trwanie przed Chrystusem na modlitwie, lektura Pisma Świętego, szczególne nabożeństwo do Bogurodzicy i św. Józefa – patrona życia ukrytego, a także praktykowanie ubóstwa, które jest znakiem naśladowania Chrystusa za wzorem św. Franciszka. Spełniając pragnienie swojego założyciela, kapucyni całe życie ewangeliczne skupiają wokół budowania braterskiej wspólnoty. Przejawia się ona zarówno w życiu modlitwy, jak i w wymiarze działalności apostolskiej. Wszyscy w zakonie nazywają siebie braćmi i z racji tego samego powołania są sobie równi.

Kapucyni swoją działalność apostolską prowadzą na wielu polach, głosząc misje parafialne, rekolekcje, pełniąc posługę w konfesjonale (na Miodowej od poniedziałku do soboty w godz. 9.00-12.00 i 16.00-19.00, a w niedzielę i święta na początku każdej Mszy św.), angażując się w duszpasterstwo chorych, pracę na polu wychowawczym, a także wydawniczym.

Najbardziej kojarzonym z warszawskimi kapucynami dziełem jest dom bł. Aniceta Koplińskiego, skupiający się na pomocy osobom bezdomnym i ubogim, a także promujący wartości, które wyznawał bł. Anicet, jałmużnik Warszawy. Dom jest otwarty dla wszystkich, którzy chcą podzielić się sercem, pomocą i pozytywnym nastawieniem. W jadłodajni dla osób ubogich przy Miodowej posiłki wydawane są codziennie w godzinach 11.00-13.30 (z wyjątkiem sierpnia, gdy jadłodajnia jest zamknięta ze względu na coroczne prace remontowe). Fundacja Kapucyńska prowadzi także sklep z dewocjonaliami, z którego dochód przeznaczony jest na pomoc osobom w kryzysie bezdomności. Dla kawoszy kapucyni wypalają ponadto kawę sprowadzaną m.in. z Brazylii, Kolumbii, Etiopii, Indii, czy Meksyku, którą można zamówić przez Internet.

Prowincja warszawska prowadzi również m. in. sekretariat misyjny, Centrum Duchowości Honoratianum w Zakroczymiu, Ośrodek Apostolstwa Trzeźwości; organizuje spotkania „Golgota Młodych”, a w Warszawskiej Pielgrzymce Pieszej kapucynów można spotkać w „15 brązowej”.

Klasztor przy ul. Miodowej jest najstarszym klasztorem kapucynów w Polsce. Powstał dzięki fundacji Jana III Sobieskiego jako wotum wdzięczności za zwycięstwo nad Turkami pod Chocimiem. W kościele spoczywa serce króla. Do Warszawy kapucyni przybyli w 1681 r. i zamieszkali na Zamku Królewskim, gdzie pełnili posługę kapelanów kaplicy królewskiej.

W XIX w. klasztor warszawski był dynamicznym ośrodkiem duszpasterskim. Po kasacie klasztoru w 1864 r. kapucynów wywieziono do klasztoru w Zakroczymiu. Do swojego dawnego klasztoru zakonnicy powrócili w 1918 r.

W czasie Powstania Warszawskiego podziemia kościoła stały się schronem dla 300 osób, kapucyni włączyli się w działalność niepodległościową, pełnili także posługę kapelanów.

Obecnie klasztor przy Miodowej to także miejsce kultu św. o. Pio. Każdego 23. dnia miesiąca o godz. 18.30 oprawiana jest Msza św. przez jego wstawiennictwo w powierzonych intencjach, a po liturgii jest możliwość oddania czci relikwiom stygmatyka.